超声波清洗工艺的选择主要是指清洗液的选择及配制，超声波清洗的方式，清洗液的温度，超声波的频率，超声波的功率密度以及清洗时间等因素的选择。
选用合适的清洗液,对于超声波清洗效果具有很大影响。由于超声波清洗的机理主要是空化作用，所以选择清洗液时除了依据制体本身的材料，油垢或机械杂质的主要组成外，还必须考虑选择的清洗液粘度要小，表面张力要小，以利于清洗液的空化。在清洗质量要求严格的情况下,还常常采用几种不同的清洗液,分槽或依次进行超声波清洗,而每种清洗液的作用各有不同，如光学零件的清洗先后采用了三氯乙烯，氢氧化钠水溶液,合成洗涤剂,水和酒精等多种清洗液，又如半导体器件的清洗采用了丙酮，1混合清洗液,2混合清洗液和去离子水等等。
最常见的超声波清洗形式是槽内浸洗,即将制件浸入盛有清洗液的超声波清洗槽内,超声波换能器产生的超声振动由清洗槽底幅射至清洗液内进行清洗。这对于中小型制件尤为适宜。对于尺寸和重量都较大的制件可采用局部清洗法,即将制件局部浸入清洗液进行清洗,待清洗完毕后再将未经清洗的部分浸入清洗液进行清洗,直至完全洗遍。另一种方法是根据大型制件的形状和局部清洗的部位要求，将超声波换能器设计成特殊形状来实现局部清洗。对于清洗要求严格的制件采用几种不同清洗液，分槽依次进行超声波清洗。此外，还可与其它清洗方法配合清洗,如电子元件的清洗是加热浸洗和超声波清洗配合使用。对于油脂特稠，特厚的制件，也常常先用加热浸洗或高温喷洗，然后再用超声波清洗的多步清洗法。对于几种形状过分复杂，如有大小不等的孔穴凹角的制件，可采用多频率清洗,即在几种不同的超声波频率作用下进行清洗。
引入清洗液的超声振动频率，对于超声波清洗的效果有很大影响，这是由于超声波频率对于空化作用影响很大的缘故。一般采用20KHz左右。在20KHz左右空化作用易于产生，清洗效果较为明显。但对于表面光洁度要求很高,具有较小直径的孔或狭缝的制件，宜用波长较短、能量集中的高频超声波清洗，有时频率可达800KHz左右。但高频的超声振动在清洗液中衰减较大，作用距离较短，空化强度也较弱,清洗效率较低，而且由于高频的方向性而产生的“阴影”区使制件的有些部位清洗不到。在使用无频率跟踪的超声波清洗装置时，需要经常调节发生器的频率旋钮，使其输出信号的频率与换能器的固有振动频率保持一致，此时空化最强,在透明的清洗液中可以看到有很多白色聚流,以手探试，有如针刺感觉。
为了提高超声波清洗效率，往往采用较高的功率密度。但太高的功率密度会由于空化作用太强而引起对制件表面的侵蚀(即空化腐蚀)，使制件受损，这对于具有各类镀层或铝及铝合金制件尤为突出。过分的提高功率密度还由于饱和作用也无效果。对于油污严重、形状复杂，有深孔盲孔的制件，要求清洗槽较深,清洗液粘度较大，并选用较大的功率密度,高频超声清洗的功率密度也较大，在以水或酒精等清洗漂洗时功率密度可以取小些。
由于清洗液的空化作用与其温度有关，温度升高有利于空化，但随之蒸气压也相应增加，超过一定温度反而使空化作用降低。因此必须保持一定的温度范围，如水溶剂清洗液一般在45℃左右，三氯乙烯清洗液在75℃左右，水则为60℃左右,对于易蒸发易燃的清洗液不宜温度太高。
超声波清洗的效果和质量与超声波清洗的时间有关，时间太短不能达到清洗的质量要求。但时间太长不仅效率低,而且由于制件表面发生空化腐蚀而影响质量。油污严重，形状复杂的制件清洗时间宜长一些。具有各类镀层的制件，铝及铝合金制件清洗时间不能过长。表面光洁度较高的制件一般情况下油污相对少些,清洗时间也不宜过长，具体清洗时间的确定须经过实验而定。
为了提高清洗效果，保证超声波清洗装置的正常使用，被清洗的制件在清洗槽内的位置是值得注意的。
首先应避免将制件直接压在超声振动的辐射面上，以致辐射面不能发生预期的振动,而使清洗装置达不到正常的工作状态。这对于重量较大的制件尤为重要。制件应采用专用工具悬挂于清洗槽内并尽量接近辐射面。
第二,须将重点清洗部位对准超声源。
第三，应考虑被洗下的污物能顺利地排出制件。
第四，要便于清洗液在清洗槽内对流。在采用清洗液循环使用和不断补充使用的方法时,进液速度不宜太快，否则由于补入的清洗液内含气较多，会减弱空化作用。
对于盲孔的清洗，应先在盲孔内灌满清洗液，然后将盲孔向下对准超声源，在清洗过程中,必须一直保持孔内充满清洗液,才能取得显著效果。
